清王朝为了稳固西藏边疆，加强汉藏交流，在北京修建、改建过多座藏传佛教寺院，比如雍和宫、东西黄寺、南北黑寺等。虽然雍和宫更加知命，实际上在清代东西黄寺也是非常重要的藏传佛教寺院。东西黄寺位于德胜门外的校场北，由一道围墙包裹，分列东西两侧。东黄寺的前身是一座中土佛教寺院——普净禅林。顺治八年（1651年）被降旨改建为藏传佛教寺院，以供喇嘛等驻锡之用。康熙三十三年（1694年）重修。雍正十二年（1734年）第二世敏珠尔呼图克图（青海广慧寺寺主）被封为驻京呼图克图，驻锡东黄寺。乾隆三十四年（1769年），再度重修。1911年后，由于战乱频生，经济衰退，东黄寺年久失修，损坏严重。至1949年，东黄寺的主要建筑已不复存在，现在这座曾经的京城名寺已经无迹可寻。